Donauebene und Gäuboden
Die Donau, zweitlängster Fluss Europas, durchfließt den Landkreis Regensburg von West nach Ost und den Landkreis Straubing-Bogen von Nord nach Süd und stellt den ersten gemeinsamen Naturraum dar – die Donauebene. Mit dem Gäuboden liegt im westlichen Teil der flachen Donauebene ein besonderer Naturraum, der von sehr fruchtbaren Böden mit hohen Bodenwertzahlen und intensiver landwirtschaftlicher Nutzung geprägt ist. Daher wird der Gäuboden auch die Kornkammer Bayerns genannt.
Zwischen der Donau und den fruchtbaren Böden des Gäubodens bildeten sich v.a. in den Bereichen zwischen Neutraubling und Geisling, bei Parkstetten sowie bei Atting große Kiesvorkommen. Nach deren Ausbeutung entstanden große Seenbereiche, die heute hauptsächlich zur (Nah-)Erholung genutzt werden. Donauebene und Gäuboden bieten Lebensraum für unterschiedlichste Pflanzen- und Tierarten.
Donau-Isar-Hügelland
Westlich an die Donauebene und den Gäuboden schließt das Donau-Isar-Hügelland an. Wie der Name schon andeutet steigt die Höhe etwas an und das Relief wird hügeliger. Sanft geschwungene Hügelzüge wechseln sich mit einem engmaschigen und feinverzweigten Talnetz ab.
Aufgrund schlechter Bodengüte entwickelten sich im Donau-Isar-Hügelland neben Ackerbauflächen vermehrt Grünland und Waldflächen und damit verstärkt Viehzucht. In den letzten Jahrzehnten hat die Anzahl der Großbetriebe stark zugenommen. Dieser Naturraum ist Heimat verschiedener Pflanzen- und Tierarten.
Bayerischer Wald
Östlich der Donauebene markiert der Donaurandbruch die Grenze zum Mittelgebirge des Bayerischen Waldes, dessen bis zu 1.100 Meter hohe Teilbereiche auf Straubinger Seite als Vorderer Bayerischer Wald und bis rund 650 Meter hohe Teilbereich auf Regensburger Seite als Falkensteiner Vorwald bezeichnet werden.
Aufgrund der verhältnismäßig kargen Böden und klimatisch ungünstigeren Bedingungen der montanen Höhenlagen ist das Gebiet stark bewaldet, wird aber immer wieder durch satte, grüne Wiesen, sonnendurchflutete Lichtungen und lebendige Bachläufe durchbrochen. Der Mensch siedelte hier später und nutze die Landschaft (land-)wirtschaftlich weniger intensiv, weshalb die Kulturlandschaft des Bayerischen Waldes dünner besiedelt und natürlicher ist. So finden sich hier z.T. seltene Pflanzen- und Tierarten.
Ein weiterer Naturraum, der sich zwar nur im Nordwesten des Landkreises Regensburg befindet, aber auch Teil des Kooperationsprojektes ist und viele herrliche Blühwiesen aufweist, sei der Vollständigkeit halber kurz genannt. Nach Süden durch die Donau und nach Osten durch die Ausläufer des Bayerischen Walds begrenzt, liegt hier Oberpfälzer Jura. V.a in den artenreichen Magerrasenhängen finden sich viele verschiedenen Pflanzen- und Tierarten, darunter seltene „Trockenspezialisten“.